La bibliothèque du PISAI est l’instrument privilégié de l’enseignement et de la recherche. Au cours des années elle s’est enrichie de nombreuses œuvres et de revues de culture arabe et musulmane, en rapport avec l’approche scientifique de l’Institut aux sources, en langue originelle, sans négliger les textes d’orientalisme et les travaux dédiés au dialogue interreligieux. Actuellement elle possède plus de 35000 volumes dont un tiers en langue arabe, 450 revues, 250 éditions rares ou épuisées, 60 manuscrits, en beaucoup de langues. Une section particulièrement importante est dédiée aux études coraniques avec des éditions variées du Coran, les grands commentaires classiques et les recueils les plus importants de traditions. Grâce à sa spécialisation, la bibliothèque est fréquentée par des étudiants d’autres universités, par des professeurs et des chercheurs.

Le patrimoine de la grande bibliothèque est subdivisé en sections, par sujet, et couvre les domaines les plus importants des sciences islamiques :

Coran, Commentaire Coranique, Hadith

Droit

Théologie Philosophie

Mystique

Histoire

Géographie

Linguistique

Littérature

Sciences exactes

Arts

Architecture

Ethnologie

Anthropologie

Islam contemporain

Biobibliographie

Ecritures sacrées

Théologie chrétienne

Dialogue interreligieux

De plus, le travail des étudiants du PISAI a permis l’archivage de  plus de 260 études monographiques de recherche, avec des passages traduits de plus de 100 auteurs arabes.