Le programme complet d’études du PISAI est subdivisé en deux cycles : Licence et Doctorat. Le cycle correspondant au baccalauréat, est présupposé comme condition d’admission à l’Institut. Au cours du programme l’Institut Pontifical d’Études Arabes et d’Islamologie s’engage à offrir à ses étudiants une connaissance solide et profonde de la langue arabe littéraire, pour qu’ils puissent obtenir une profonde familiarité avec la doctrine religieuse, la mentalité et la culture des peuples musulmans. L’objectif de l’étudiant sera de parvenir à:

• la compréhension de textes arabes littéraires d’une certaine difficulté 
• l’expression, orale et écrite, en langue arabe littéraire 
• l’utilisation de la langue arabe pour affronter des textes fondamentaux des sciences islamiques dans leur langue originelle 
• la connaissance académique qui vise au développement de la réflexion personnelle et de l’esprit critique
• l’acquisition et le développement d’une capacité de recherche scientifique

Le programme d’études du PISAI prévoit une profonde immersion dans l’étude de la langue arabe et des matières fondamentales en corrélation avec elle : Coran, Tafsir (Commentaire coranique) classique et moderne, Hadith (Tradition), Théologie, Droit, Philosophie, Histoire, Littérature, Mystique, Chiisme, Textes apologétiques, Textes arabes chrétiens. L’élaboration et la défense successive du mémoire de la licence, prévu à la fin de la 3^ème année de cours, permettront au candidat d’affiner les capacités de recherche acquises et développées grâce à un cours spécial de méthodologie.