Le PISAI doit ses origines à la fondation des Missionnaires d’Afrique (Pères Blancs), en 1926, d’un centre de formation pour des prêtres et des religieux chrétiens engagés à œuvrer dans différentes parties du monde en contact étroit avec les musulmans. Le centre, fondé à Tunis, en 1931, prit le nom de IBLA (Institut des Belles Lettres Arabes). En 1949 l’enseignement fut séparé des autres activités et ainsi naquit, à la Manouba, une maison d’études pour la langue arabe et les sciences islamiques, qui en 1960 fut promue, par décret de la Congrégation des Séminaires et des Universités, Institut Pontifical d’Études Orientales (IPEO). En 1964, l’Institut fut transféré à Rome où il occupait, pendant trois ans, un petit édifice dans la rue du XXX avril, et changea sa dénomination en Institut Pontifical d’Études Arabes (IPEA), pour être distinct de l’Institut Pontifical Oriental. A partir de 1979, grâce à la Constitution Apostolique Sapientia Christiana, l’Institut fut honoré du titre Institut Pontifical d’Études Arabes et d’Islamologie (PISAI). A partir de 1997 le PISAI s’est enrichi d’un protocole de collaboration avec le centre Dar Comboni for Arabic Studies, qui a son siège au Caire.